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Por todo o concelho abundam provas de um povoamento precoce, os primeiros vestígios remontam ao Neolítico, há cinco mil anos atrás. Habitado em tempos remotos por Iberos, povo agrícola e pacífico, a Mértola vão chegando Fenícios, Gregos e Cartagineses, numa ocupação que tinha por mote o controlo das rotas comerciais. A história e ocupação de Mértola, ao longo dos tempos, são determinadas pela sua condição de ponto mais extremo de navegabilidade do rio Guadiana, localização vital para as rotas comerciais do Mediterrâneo. Acresce a esta determinante, o seu posicionamento estratégico, no topo de uma elevação contornada pelo rio Guadiana e pela ribeira de Oeiras, que lhe conferia excelentes condições naturais de defesa.
A romanização de Mértola deu-se ao longo do séc. II a.C., com a ocupação efectiva do território, a verificar-se na segunda metade desse século. Designada de Iulia Myrtilis ou Myrtilis Iulia, a importância da cidade e da sua actividade comercial de então é, hoje, atestada pela estatutária, fontes escritas, moedas, e múltiplos achados arqueológicos encontrados, na vila, ao longo dos tempos. Na Antiguidade Tardia, Myrtilis manteve a sua importância económica e a sua vocação mercantil. Chegam os primeiros evangelizadores cristãos e na arquitectura religiosa o período testemunha a edificação das primeiras construções cristãs de que é exemplo a Basílica Paleocristã do Rossio do Carmo. As convulsões militares que abalavam o império romano criaram situações de insegurança e instabilidade na cidade. Pelo concelho surgem, vestígios de comunidades visigóticas como certificam os achados arqueológicos expostos, actualmente, na Torre de Menagem do Castelo de Mértola.
Com a invasão dos povos do Norte de África, liderados por Tarik em 711, Mértola reafirma a sua função comercial e reforça a sua condição de porto mais Ocidental do Mediterrâneo. A conquista cristã deu-se no reinado de D. Sancho II, pelo comendador da Ordem de Santiago, Paio Peres Correia, em 1238. O território foi então doado à Ordem dos Cavaleiros de Santiago e, progressivamente, foi perdendo a sua importância comercial. Em 1512, D. Manuel I dá Foral a Mértola e durante os séculos XVI e XVII, o porto atinge novo fulgor com a exportação de cereais para as ocupações portuguesas no Norte de Africa.
Já nos finais do séc. XIX, a descoberta e exploração do filão mineiro na serra de Sancto Domingos deu novo ânimo a terras de Mértola. A população registou aumentos consideráveis e ao longo de 112 anos de actividade foram retirados do subsolo cerca de 25 milhões de toneladas de minério (principalmente cobre).
Com o declínio da exploração mineira, o concelho assiste a um êxodo populacional massivo, entre 1961 e 1971 perde mais de 50% da sua população para nunca mais a recuperar.
Nos anos oitenta a intensa actividade arqueológica deu a conhecer todo o passado grandioso da vila no testemunho do vasto património descoberto em sucessivas escavações por todo o concelho. Mértola ascende ao título de Vila Museu e a história de um passado remoto, torna-se factor de desenvolvimento e mote para uma renovada crença no futuro.
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